问题：
在28377D调试二次boot时，出现跳转到APP程序后，APP程序只有部分功能正常，另一部分功能不正常的问题（EMIF与FPGA通信正常，测了两路串口通信都不正常）。
背景：
二次boot程序在F2837xD_sci_flash_kernels_cpu01工程的基础上修改的。跳转部分测试过两种代码：
第一种：ROM内例程中的exitboot()的汇编函数。
第二种：
static void (*APPEntry)(void);
APPEntry = (void (*)(void))(EntryAddr);
(*APPEntry)();
两种跳转程序情况下，效果相同。
APP程序使用仿真器运行，或者将begin配置到0x008000，APP程序都是正常运行的，所有功能正常。
二次boot程序配置在Flash时，boot在FLASHA-FLASHD区，APP在FLSAHE-FLASHH区，APP begin在0x088000。在这种情况下，跳转到APP后，EMIF通信正常，SCI无法通信。
二次boot程序在RAM中，APP begin配置到0x008000，跳转到APP后，EMIF通信正常，SCI无法正常通信。但是，掉电重启后，APP所有功能都是正常的。
刚才又测试了一下串口自动向外发送的功能，调试正常功能串口自动向外发送一段数据。但是在boot进入APP情况下，串口也在自动向外发送，发送的是乱码。
增加：
在初始使用RAM中boot下载时，下载的文件，下到一定程度，总是报
ERROR Status: PROGRAM_ERROR
ERROR Address: 0x3 (或其他地址)
然后到处找没找到问题，在英文TI技术支持网站发现，可以通过将cmd文件中的ALIGN(4)修改成ALIGN(8)，来解决问题，当时修改后就解决了，不知道这一块是不是影响到当前的问题了。我把ALIGN(8)修改回ALIGN(4)，再编译后，下载后仍报错。
请各大神帮助分析一下：
1.问题的原因可能在哪里？
2.当前情况下，跳转到APP程序后就没有了调试手段，不知道问题在哪里。请问此时可以使用什么调试手段去发现问题？
