请问工程属性里时钟频率设置和堆栈大小的问题

debug选项里有时钟频率设置，但是频率设置不是通代码初始化的吗，请问这里的时钟频率有什么用，和初始化代码不一样会怎样呢？

程序里时钟初始化： 

InitPll(DSP28_PLLCR,DSP28_DIVSEL);

在c2000 linker选项里有堆栈stack大小设置，但是cmd里也有指定 .stack段大小和位置，这两个不一行会怎么呢？

cmd文件里：

   RAMM1      : origin = 0x000400, length = 0x000400    

   ……

.stack           : > RAMM1,     PAGE = 1

楼主入门小白，还请各位赐教。