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不管是什么模式，初始化的时候，此时程序还没有控制GPIO，即使使能了内部上拉，GPIO在初始化的时候都是不确定的电平状态。
如果你要确保GPIO在初始化的时候输出高电平，那只能通过外部加上拉电阻的方式达到输出高电平的目的。

我现在外部有上拉电阻，但在初始化程序运行到PWM时钟使能前会有一段时间输出低电平

你的程序中有没有使能GPIO初始化上拉？

程序内没有使能上拉，运行GPIO配置为PWM模式，相应的口就会输出低电平。
GpioCtrlRegs.GPAGMUX1.bit.GPIO0 = 0;
GpioCtrlRegs.GPAMUX1.bit.GPIO0 = 1; //配置为EPWM1A
GpioCtrlRegs.GPAPUD.bit.GPIO0 = 1; //关闭上拉；

有没有测试过使能上拉之后还会出现这种情况吗?