TMS320F280049C: 开关频率和采样频率的关系会不会对主回路的控制效果产生影响？

Part Number: TMS320F280049C

调试三相电流型PWM整流器，ADC中断进入频率为50kHz，开关频率为200kHz，在调试的时候输入电压上升到20V就出现输入电流的严重谐波畸变，测试了采样和其它环节都没有问题。感觉是开关频率和采样频率的关系对主回路的控制效果产生影响，想请教一下有没有遇到同样问题的。

之所以中断进入频率为50kHz，是因为采用Syscfg配置的工程中库函数的运行速度很慢，导致中断频率不得不降低，请问有什么好的办法解决这个问题呢？