在线升级FLASH写数据时人为掉电

请问用的是哪款器件？

看flash的供电方式（独立供电还是和控制CPU共电）和flash的掉电瞬间状态以及你的具体flash类型，同时要结合CPU复位后的对其操作。
一般flash手册上会有装个状态机的描述的。

以常见的nor flash为例：
一个完整的访问顺序后flash默认会切换到read模式，常见的nor flash向其RD 地址写RD命令（一般是0xf0则强制将flash切换为read模式）；
其他的操作模式下或错误的命令序列可能导致flash进入异常模式或返回read模式，需要看手册怎么描述的，一般严重的错误/歧义会进入异常，一般的错误会使其返回至READ模式；

当然也有一种比较少见的异常，正如你描述的那样：想象一个program阶段的最后一个阶段-向编程地址写数据的时序即将发生前CPU掉电而flash单独供电，CPU复位后亦未对flash进行复位，更巧的是CPU对其第一个操作恰好为写且距离复位前的预期写操作位超时。这样，极大的概览导致实际flash被编程的数据不是预期数据。
当然，这只是可能，仅次而已。