EQEP输入引脚可以作为以下工作模式的输入：
(1) 正交时钟模式输入（Quadrature Clock Mode）
旋转编码器提供2个相位相差90°的方波信号，相位的超前/滞后决定了轴端的旋转方向。从索引位置开始计数的EQEP脉冲数获取相对位置信息。正交解码单元利用EQEPA/EQEPB产生正交时钟和方向信号。
(2) 方向计数模式输入（direction count mode）
在方向计数模式下，方向和时钟信号直接从外部输入。一些位置编码器提供方向和时钟信号代替两个正交脉冲。EQEP可以作为此种位置编码器的时钟信号，EQEPB可以作为此种位置编码器的方向信号。
(3) 索引信号输入EQEPI
编码器利用索引信号作为绝对位置的起点，eQEPI连接到编码器的索引输出信号。可选择的设置为每转EQEPI信号复位位置计数器。此信号也可以用于初始化或锁存位置计数器（PC）的值。
(4) 选通输入（strobe input）
此信号输入可以用来初始化或锁存位置计数器（PC）的值。此信号通常连接到一个位置传感器或一个限位开关。用来指示选择器件已经到达一个指定的位置。
